多くのイベントが存在するダンジョン。推奨レベル16。クリア後入場可能。
百合の花ルート、ナオヤルートの分岐がある。この２ルートは排他。
イベント進行上、数日を掛けて攻略する必要がある。
進行は面倒だが、ルートダンジョンの解放やあなたの素質が補強される可能性があり、クリアする価値は高い。

ダンジョン新宿衛生病院のクリア。

所感：レベル上げに非常にオススメ。飛具弱点しか出てこないかつ新宿で最もレベルが高い。
場所は新宿メシア教会に行き、奥の下り階段を降りた先。ここは常時敵が出てくるのでいつ来ても問題無い。

北側中央半ばのアマネ、南側中央やや左のハル、左側通路のイベント（踏まないとカイドーが出ない）、北側左下のカイドーと会話（LV20オークと戦闘）。
北側右上にも戦闘イベントはあるが踏まなくても進む。

将来的に魔人アリスを入手したいならこちらのルートに入る必要がある。

「ハルとアマネとカイドーとの会話を聞いたのち、アマネの説法を聞く」ことでルート開始。
このルートでは四大の御使いから渋谷センター街、池袋、上野・ガイア教本部、六本木、新宿大聖堂に進むことができる。
クリア後、あなたのアライメントがダークあるいはカオスではないならば依頼不死の者が発生する。
その後、新宿でベルデルを倒すと、依頼灼熱の花が発生する。
こちらのルートでは、上野攻略後魔人と戦える。
新宿大聖堂地下連絡路にて確率で発生。バックアッパー推奨。
あなたのlv60以下で50日以内に討伐で、死招銃か死招拳銃入手。

南側右の小部屋に入るとローブを目深に被った人物から百合の花を貰う。
北側右上の鍵のかかった部屋に入って帽子の少年から板切れ（免罪符）を貰う。
この免罪符は夜以外で有効。ナオヤルートの流れで夜来ると二度手間になるので注意。→更新により、夜に訪問すれば一度に行けるように？

「ハルとアマネとカイドーとの会話を聞いたのち、ハルのコンサートを聞く」ことでルート開始。
このルートでは大魔宮に進むことができる。
また、ナオヤさんによってインストールソフト「バ・ベル」、COMP容量＋５を得られる。¹⁾
この時点でハルを捕らえられるのはこちらのルートのみ。百合の花ルートでも後に機会はあるが、そちらだと恋慕陥落出来ない。
ベル・デル追撃戦中にユズを助けることで、クリア時にユズ、アツロウが加入する。

ベル・デル撃破後にガイア教会に行くと報酬が貰え、ダンジョン脱出。イベント大魔宮への誘い解禁。

オザワはヤクザビル（南側左上建物）の二階にいるが、フラグを立てなければ扉に鍵がかかっており、会うことが出来ない。
外にいるのはチンピラだけで、あとはヤクザビルの中（百合の花ルートでは一人増える）

• 昼の教会の少年（オザワが怪しい）（百合の花ルートのみ）
• 北側下方にいるチンピラとの会話（ったく、オザワって野郎は何処にいやがる）
• りせとの会話（１Ｆにいる赤い髪をツインテールにした少女）
• 若者との会話（あいつはきっと人間じゃない）
• ギャルとの会話（うちの事務所買収されちゃった）
• ヤクザビルの中年の男との会話（どうしてこうなった）
• オニとの会話（成敗する必要はない）

夜の聖堂へはオザワから黒の免罪符を手に入れなければ入れない。
「剣を抜く」を選択すると複数の悪魔と戦闘に、「様子を見る」を選択するとシャドウりせと戦闘になる。
シャドウりせは会話で仲魔にしてしまうことも出来る。
いずれにせよ、勝利後に襲撃の戦利品としてりせを奴隷に出来る。
夜の聖堂に入る前に北側マップにてりせに話しかけて²⁾いればペルソナ使いとして加入、そうでない場合は非戦闘員として加入する。
（※周回プレイでどちらかが加入済みの場合、もう片方の条件を満たしても加入しないので注意）

なお、百合の花ルートで黒の免罪符入手後にヤクザビル近くに出現する！マーク³⁾を踏んでしまうと
会話中の選択肢関係なく北マップにりせが配置されなくなるため、まだ北マップで会話していない場合は非戦闘員としての加入が確定する。
戦闘員として加入させたい場合は一旦！マークを回避する必要がある。

ここで一度脱出し、以降は依頼：不死の者を請けて再び来ることで進行。

どちらのルートでも最終ボスはベル・デル。追撃戦中は取り巻きを倒してからでなければ逃げられない。
取り巻きはジャックフロスト・オキュペテー・インプなど飛具・衝撃弱点が多い。
パーティのレベルが充分に高ければエストマが効く。⁴⁾

インプ、ジャックフロスト、ヒッポウ、ナハトコボルト、ゾンビくん、ドリアード、ゾンビちゃん、ゾンビナース、オバタリオン

• ヤクザビル内ではやくざなど、聖堂内ではエンジェルなどが出現する独自の分布になる。
  • 襲撃後は聖堂内でのエンカウントが無くなるが、出口に通じる通路でだけエンカウント可能。

地獄の業火、メテオフィスト、吸血瘴気、召し寄せ。
防御者がいるならマモリクズシ、バッドステータスがあれば弱者必滅拳、どちらもなければギガンフィストを使用。
攻撃アイテムであるヤドリギの使用以外は無敵。
あなたはヤドリギの使用。メンバーは回復や取り巻きの排除が役目となる。
有用アイテムであるドラウプニルは確定ドロップではないので注意。

マップ北の方の小部屋でミニイベントが発生。
積極的な選択肢をとるとNEEDY GIRL OVERDOSEイベントが開始される。

• ￥50,000